PELICULA 1 MEWTWO Y MEW
Cronológicamente, la película se encuentra situada antes (mientras Mewtwo estaba con Giovanni) y después (resto de eventos ocurridos en la película) de la llegada de Ash Ketchum al gimnasio de Ciudad Viridian para conseguir su última medalla para participar en la Liga Pokémon de la región Kanto.
PELICULA 2 EL PODER DE UNO
Las tres aves legendarias, Articuno, Zapdos y Moltres, sobre las que recae bastante el argumento de la película, se introducen mostrándonos el tema de un delicado balance entre las fuerzas de la naturaleza. Si el poder del balance entre estas tres criaturas se destruyera, sucedería el caos, provocando que el "Gran Guardián" Lugia ascienda de lo profundo de los mares para intentar finalizar la absurda destrucción, solo con la ayuda de un "Elegido" destinado a salvar el mundo.
PELICULA 3 ENTEI Y EL HECHIZO UNOWN
El Profesor Spencer Hale, quien fuera una vez uno de los mejores estudiantes del Profesor Oak y alumno cercano a la familia Ketchum, está obsesionado con descubrir el secreto tras el misterioso Pokémon llamado Unown. Un día le llaman por teléfono para que vaya al trabajo, puesto que se ha encontrado algo sorprendente e inaudito; cuando su hija llamada Molli se prepara para dormir su papá le enseña fotos de su libro, en el cual ella ve un Entei, y dice que desde ahora será su Pokémon favorito.
PELICULA 4 POKéMON 4 EVER CELEBI LA VOZ DEL BOSQUE
La película se enfoca en Celebi quien viaja al futuro con un joven llamado Sam cuando eran perseguidos por un cazador. Ash, Misty, Brock y Pikachu se dirigían al siguiente gimnasio en su viaje por la región de Johto y son ayudados por un hombre llamado Maki quien los lleva a su ciudad natal Arborville. Ven un Suicune (quien fuera el primer Pokémon que Ash viera en Johto). Cuando planean entrar a un bosque del que se afirma tiene muchos Pokémon raros, son prevenidos por una anciana mujer sobre la "Voz del Bosque" la cual puede sacar a una persona y llevarla a un diferente período en el tiempo.
PELICULA 5 HEROES POKéMON: LATIOS Y LATIAS
En esta película, nuestros amigos viajan a Altomare, una ciudad-acuática, el igual de Venecia. Allí conocen a Latios y su hermana Latias, quien se hace amiga del protagonista de la serie, Ash. Latios desconfía de los humanos pero Latias se junta con ellos camuflándose.
PELICULA 6 JIRACHI Y LOS DESEOS (WHISH MAKER)
La historia gira alrededor del Cometa Milenario, que aparece en el cielo nocturno durante siete días una vez cada mil años. Es, al mismo tiempo, cuando el legendario Pokémon, Jirachi despierta de un largo letargo para absorber la energía del cometa. Esta energía, a su vez, es puesta en la propia Tierra, y que es un área conocida como Forina. Esta vez, sin embargo, un mago llamado Butler, junto con su novia Diane mucho tiempo, descubren la piedra en la que estaba encerrado Jirachi, y que después lleva consigo para su espectáculo.
PELICULA 7 DESTINO DEOXIS
La película comienza cuando el legendario Rayquaza y el Pokémon espacial Deoxys comienzan a combatir, hasta que Rayquaza, con un hiperrayo fulmina a Deoxys. Cuando todo parece estar en calma, Rayquaza se vuelve a la capa de ozono, sin saber que Deoxys tiene un alto poder de regeneración. Deoxys se regenera y lanza al aire una especie de roca brillante y verde.
PELICULA 8 LUCARIO Y EL MISTERIO DE MEW
Ash llega al Palacio Cameron donde se celebra un festival en honor a Sir Aaron (Aaron Sama Japanese Version), un antiguo héroe quien evitó una guerra que estuvo por comenzar fuera del Árbol de los Comienzos. En el festival, Ash compite en un torneo en el Palacio Cameron y gana, llegando a ser el "Guardián del Aura" ("Hadou" versión japonesa) de ese año. Como parte de la celebración, a Ash se le conceden las cosas de Sir Aaron, las cuales contiene además a su Pokémon compañero, Lucario, al cual Sir Aaron había sellado antes de detener la guerra.
PELICULA 9 POKÉMON RANGER Y EL TEMPLO DEL MAR
La historia inicia con el robo de un huevo de Manaphy por parte de un Pokémon Ranger de nombre Jack Walker de las manos de un pirata, que se hace llamar Fantasma/Fantomas, el cual desea el huevo para que lo guíe a un antiguo templo llamado el templo del Mar que guarda el gran tesoro del océano, la corona del mar. Ash, May/Aura, Max y Brock durante su viaje se extravían y mientras divagan se encuentran con un grupo de personas llamadas Lizabeth, Kyle, Meredith y Ship que hacen un espectáculo de agua. Esta gente le ofrecen a Ash y a sus amigos llevarlos hasta el siguiente pueblo.
PELICULA 10 EL SURGIMIENTO DE DARKRAI
En la infinita y eterna grieta del espacio y tiempo, dos entidades que jamás debieron encontrarse, chocan en un combate de grandes proporciones. Una de ella es la deidad del tiempo Dialga quien logra herir a su contraparte Palkia, la deidad del espacio. Mientras tanto, en otro lugar un hombre lee el diario de un famoso arquitecto llamado Godey. En este, se predice lo que podría ser la destrucción del mundo debido a fuerzas poderosas que colisionan unas con otras.
PELICULA 11 GIRATINA Y EL GUERRERO CELESTIAL
Este largometraje fue ambientado en paisajes parecidos a Sognefjord y Bergen, en Noruega. El equipo de la película fue en estas zonas en el septiembre del 2007 para buscar los fondos. Según el Mundo Pokémon, se desarrolla en algún lugar cercano al Monte Corona, y acordando con la fecha de estreno y episodios del animé, entre la ruta de Ciudad Hearthome y Pueblo Caelestic.
PELICULA 12 ARCEUS Y LA JOYA DE LA VIDA
Pocket Monsters Diamond and Pearl Arceus Chokoku no Jiku e (劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール アルセウス 超克の時空へ Gekijōban Poketto Monsutā Daiyamondo to Pāru Parachina Aruseus: Chōkoku no Jikū e?, Pocket Monsters Diamante & Perla la Película: Arceus, hacia la superación del Espacio-Tiempo), conocida en Estados Unidos como Arceus and the Jewel of Life, es la duodécima película basada en la serie de anime Pokémon. Fue estrenada en los cines Japoneses el 18 de julio de 2009.